
图片来源:科学图片库一个名为unknome的蛋白质数据库根据人们对蛋白质的理解程度对人们进行排名。结果表明,人们对成千上万的人类蛋白质几乎一无所知,包括一些对人类生存至关重要的蛋白质。8月8日,相关结果发表在《公共科学图书馆-生物学》上。
为了创建unknome数据库,英国剑桥大学MRC分子生物学实验室的肖恩·芒罗(Sean Munro)团队从人类中发现的约2万个蛋白质基因入手,将关系密切、可能具有相似功能的人类基因或蛋白质组合起来,产生约7500个蛋白质簇。
接下来,他们将在普通动物如老鼠或果蝇中发现的相关蛋白质添加到蛋白质簇中。因为这些蛋白质可能具有相同功能。然后,他们根据基因功能信息库中条目的数量对每个蛋白质簇进行评分。
一个没有直接研究过的人类蛋白质,如果充分研究了其他动物中的等价蛋白质,它的得分还是很高的。如果蛋白质出现在被认为更可靠的条目中,他也会得到高分,比如发表在期刊上。芒罗承认,这种评分有些武断,但目前没有更好的评分方法。
有些蛋白质研究得很透彻,所以分数远远超过100分。例如,参与胚胎发育的“索尼克刺猬因子”的一个蛋白质得分为168,而帮助防止细胞癌变的蛋白质p53得分为126。但是,仍然有2200多个蛋白质的分数低于2,1100个蛋白质的分数低于1,甚至有800多个蛋白质的分数低于0。
理论上,这些低评分蛋白质可能没有被研究过。为了查明这些蛋白质是否重要,研究小组使用了一种称为RNA干扰的技术来降低果蝇中得分低于1的260个物种的蛋白质水平。在60个案例中,果蝇很快死亡,这表明这些特殊的蛋白质也有重要的功能。
芒罗说,这对研究果蝇的团队成员来说是一个很大的惊喜。他们只是假设已经找到了所有可能的重要基因,事实证明并非如此。
他说,未知蛋白质的数量正在逐渐减少,但他希望加快发现的步伐。目前的问题是,资助机构和研究人员不愿意冒险研究未知蛋白质,因为他们担心相关的研究工作无足轻重,得不到回报。
“甚至还有我们可能不知道的生物过程,但没有人在寻找与这一过程相关的蛋白质,因为没有人知道它们。”芒罗说,这听起来令人惊讶,但名为CRISPR的基因编辑技术是基于细菌蛋白质,其功能直到2012年才被发现。(文乐乐)
相关论文信息:
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002222
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